Daňové odpočty se po novele přibližují dotacím. Firmám mohou ušetřit miliony, přesto je stále podceňují

České firmy přitom dlouhodobě automaticky považují dotace za nejvýhodnější formu podpory výzkumu a vývoje. Dlouhá léta mezi českými firmami převažovala představa, že dotace představují skutečné peníze do rozpočtu, zatímco daňový odpočet znamená především administrativní komplikaci s nejistým výsledkem. Firmy jej proto často vnímaly jako méně přehledný nástroj, u kterého není vždy jasné, zda obstojí při případné kontrole. Loňská novela zákona o daních z příjmů ale ekonomiku celého systému výrazně změnila a prakticky stírá rozdíl mezi oběma formami podpory.

Nová legislativa zvýšila odpočet na výzkum a vývoj na 150 % způsobilých nákladů, čímž výrazně posílila atraktivitu tohoto nástroje. V praxi se tak v některých případech začíná čistý ekonomický efekt daňového odpočtu výrazně přibližovat dotační podpoře, kterou firmy tradičně považovaly za finančně výhodnější variantu.

Na první pohled může dotační podpora stále působit atraktivněji. Jenže realita je složitější. Dotace představuje zdanitelný příjem, jehož výsledný efekt následně snižuje daň z příjmů. Daňový odpočet naopak přímo snižuje základ daně. Reálný rozdíl mezi oběma nástroji tak může být v praxi výrazně menší, než se na první pohled zdá. V řadě případů se firmy po novele mohou dostat na velmi podobný čistý finanční efekt, který může představovat úsporu v řádu milionů korun ročně.

Vedle samotného finančního efektu začínají hrát stále větší roli také praktické aspekty. Na rozdíl od dotací nejde u daňového odpočtu o soutěžní mechanismus, kde o podpoře rozhoduje bodové hodnocení projektu nebo omezená alokace programu. Firmy navíc nejsou vázány na dotační výzvy ani schvalovací procesy a mohou investice plánovat výrazně flexibilněji.

Velkou výhodou je také samotná povaha výzkumu a vývoje. Inovace nikdy nejsou stoprocentně předvídatelné a ne každý projekt skončí úspěchem. Zatímco u dotací může neúspěšný výsledek znamenat komplikace při vyúčtování, nebo dokonce vracení podpory, systém daňových odpočtů tuto realitu respektuje. Pokud firma prokáže, že projekt skutečně obsahoval prvek výzkumu a vývoje a byl správně dokumentován, může odpočet uplatnit i v případě, že původního cíle nedosáhla.

To samozřejmě neznamená, že dotace přestávají dávat smysl. Pro některé firmy, například podniky s nižší ziskovostí nebo projekty s vysokým podílem externích nákladů, mohou být i nadále vhodnějším řešením. V praxi proto nejde o otázku, který nástroj je univerzálně lepší, ale který dává větší smysl pro konkrétní typ projektu a firmy.

V Česku přitom pravidelně využívá daňové odpočty oproti zahraničí pouze zlomek firem. Nejnovější data Českého statistického úřadu navíc ukazují, že za rok 2024 tento nástroj využilo pouze 721 podniků, nejméně od roku 2010, přestože celková daňová podpora dosáhla rekordních 3,7 miliardy korun. Hlavní překážkou přitom často není samotná administrativa, ale spíše dlouhodobá nejistota a obavy z kontrol finanční správy. Mnoho společností má stále pocit, že pravidla nejsou dostatečně předvídatelná a že i po několika letech může přijít zpětné zpochybnění odpočtu.

Pokud má letošní novela skutečně splnit svůj cíl, samotné navýšení procenta podpory stačit nebude. Českým firmám dnes totiž často nebrání v investicích do výzkumu a vývoje nedostatek motivace, ale nejistota. Nejistota v tom, jak budou pravidla vykládána, jak budou probíhat kontroly a zda stát bude k firmám přistupovat předvídatelně a konzistentně.

Pokud nechceme dál přicházet o miliardy korun v neuskutečněných inovacích a technologickém rozvoji, musí spolu s výhodnější legislativou přijít také jasnější metodika a transparentnější přístup kontrolních orgánů. Firmy potřebují vědět, co stát považuje za výzkum a vývoj, jaká dokumentace je dostačující a podle jakých pravidel budou finanční úřady postupovat.

Zkušenosti ze zahraničí ukazují, že při dostatečné stabilitě, srozumitelnosti a jednoduchosti pravidel mohou být daňové odpočty jedním z nejefektivnějších nástrojů podpory inovací. Teprve ve chvíli, kdy bude systém stabilní, srozumitelný a předvídatelný, se mohou daňové odpočty stát skutečným palivem pro rozvoj nových technologií a inovací.

Kristína Šumichrastová
Redaktorka Hospodářských novin
Zveřejněno: 27. 5. 2026

Tento článek je pouze informačního charakteru a obecné povahy a nezohledňuje individuální finanční a daňovou situaci určité osoby nebo subjektu. Informace uvedené v článku nejsou nezbytně vyčerpávající, úplné či aktualizované a můžou odkazovat na stránky jiných subjektů, nad nimiž MONETA Money Bank nemá kontrolu, proto vylučuje jakoukoli odpovědnost. Článek nelze považovat za odborné či právní poradenství. Aktuální produktové podmínky i sazebníky najdete vždy na příslušných stránkách webu. Informace k daním doporučujeme vždy ověřit na stránkách příslušných orgánů státní správy (daňový portál apod.).